输出文件¶
先读 CLI 返回的状态、数量、下一步动作和可用路径。可选文件不存在时路径返回 JSON null。机器状态用于恢复，日常通常只需读报告和非空待办队列。
| 工作流 / 阶段 | 应保留的状态 | 面向用户的结果 / 可选导出 |
|---|---|---|
| 单篇获取 | 正式 PDF、原始 BibTeX 和 provenance | 核验后的文件对，不生成报告目录 |
| Corpus 发现 | 请求、coverage.jsonl、候选、证据包、来源错误和 manifest |
仅有缺失元数据时写 pending-metadata.csv |
| Corpus 复核 | 复核决定、selected-papers.jsonl、选集和复核 manifest |
pending-review.csv 受哈希绑定，完成后仍保留空队列 |
| Corpus 获取 | 获取账本、选集绑定、交付 manifest 和正式文件对 | paper-manifest.csv；人工/重试队列仅在非空时生成 |
| Research 发现 | research-plan.json、research-candidates.jsonl、citation-graph.json、search-saturation.json、research-run.json |
此阶段不生成证据或 gap 报告 |
| Research 复核 / 全文 | 复核决定、冻结选集、阶段 manifest、full-text-manifest.jsonl 和内部解析缓存 |
非空复核/下载队列；状态区分获取与解析阻塞 |
| Research 证据 | validated-evidence-reviews.jsonl、research-evidence.json |
一份 reports/report.md；--export-csv 增加 papers.csv、claim-coverage.csv |
| 作者文献 | 含来源、身份、日期证据的 author-discovery.json |
report.md；--export-csv 增加 author-discovery.csv |
| 文献库审计 | audit.json |
report.md、非空人工队列；--export-csv 增加 audit.csv |
| 文献库更新 / 导入 / 整理 | 待审计划、暂存文件、provenance、备份和 apply journal | 审核后执行计划，保留备份供回滚 |
新 Research 运行标记 output_version: 2。没有该字段的旧运行继续使用旧报告布局，不重写冻结字节或哈希。新布局将 research manifest 和 nearest-work matrix 合并为可选 papers.csv；证据位置、claim 状态及适用的有界 gap 结论合并到 report.md，检索溯源保留在 research-plan.json。不带 CSV 导出选项重新运行时，只清除已知生成文件；待办解决后清除对应队列。不要用这些生成文件名保存手工编辑内容。
可选 Markdown 规则¶
acquire research 会把选定 PDF 解析到七天 SHA-256 MinerU 缓存，用于内部证据评审。缓存 Markdown 属于分析状态，不是交付文件。普通 fetch、manual fetch 和论文集流程不会产生 Markdown。只有用户明确指定目标目录时才导出：